《機動戰士高達00》系列以四名高達駕駛員(Gundam Meister)的成長為故事主線。
機動戰士高達00 第1卷 天人組織
西曆2307年，由於化石燃料的枯竭，人類開始尋找全新形式的能源——由3條巨大的軌道式升降梯所組成的巨型太陽能發電系統。然而，能夠分享這一能源的，只有世界上的一部分大國及其同盟國。
擁有3條巨大的軌道式升降梯的3個超大國及其聯盟：以「美利堅合眾國」為中央政府領導的的「UNION（世界經濟聯合）」，以「中國」、「俄羅斯」、「印度」為中心的「人類革新聯盟」，以及以歐洲為中心的「AEU（新歐盟共同體）」。各大國家聯盟為了各自的威信和繁榮，開展了龐大的爭霸遊戲。沒錯，即使歷史的滾輪駛入了24世紀，人類依然保持著四分五裂的狀態。
在這個戰爭終日不絕的世界，一個宣稱“以武力根絕戰爭”的私人武裝組織出現了。擁有機動戰士「高達」的他們，名為「天人武裝組織（Celestial Being）」。憑藉高達強大的效能，他們開始對各國紛爭進行武力介入。
機動戰士高達00 第2卷 捕獲高達
西曆2312年，自天人和國聯軍的宇宙決戰已經過去四年。地球聯邦政府為了樹立新人類乃至於國家的統一和人類的統一，去除聯邦正規軍之外還組織了獨立治安維護部隊「A-Laws」。然而其實態卻是藉著統一的名目對***的勢力及思想進行非人道的鎮壓。
為了實現夢想以及守護路易斯的承諾，因而走向宇宙技術者之路的沙慈也不可避免的被捲入聯邦政府的改革中。
另一方面，在四年前的最終決戰中生還的剎那和天人不斷探尋這改變世界未來之路。夢想著有一天達到監視者阿雷哈羅創造出沒有戰爭的和平世界。「A-Laws」的鎮壓下的偽和平以及歪曲的事實。剎那決意與擁有改變世界力量的高達一起再次決鬥。
在再次動盪的世界中，剎那和沙慈所前進的道路將會延伸到何處？
在最後，剎那的變革會將人類帶向何方？
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